En 1967, il a été décidé après des études effectuées par les Autorités Militaires et les Enseignants de l'Université de Dakar, parmi lesquels, d'Anciens Médecins Militaires, la création d'une Ecole militaire ayant pour vocation de former des cadres officiers pour les besoins du service de santé de l'Armée Sénégalaise, mais, et surtout pour combler les déficits de la couverture sanitaire du Pays, particulièrement en zone rurale.
Prévue pour ouvrir ses portes en 1969, l'Ecole voit précipitamment le jour en 1968, un peu en raison des événements de mai de la même année. La première vague d'Elèves Officiers au nombre de trente (30) fut recrutée en décembre 1968, composée d'étudiants de la première à la quatrième année de Médecine de la faculté de médecine de Dakar.
C'est en 1970, après deux années de fonctionnement que l'Ecole accueillit ses premiers élèves ressortissants de pays amis tels que le Bénin (ancien Dahomey), le Burkina Faso (ancienne Haute Volta), le Congo Brazzaville, le Gabon, le Niger, la Centrafrique (actuelle République Centrafricaine), la République Islamique de Mauritanie, le Tchad et le Togo. Viendront s'y ajouter plus tard le Cameroun, la Guinée Conakry, la Côte d’Ivoire et le Mali.
Le premier commandant sénégalais de l’école militaire de santé est le COLONEL LAMINE CISSE qui fut à la tête de l’école de 1980 à 1989
Jusqu’en 1984, l'école ne recrutait que des garçons. C’est à la rentrée de cette année, que furent admises les premières filles, suite à la promulgation de la loi 82-17/PM/SGG/SI complétant l'article 19 de la loi 70-23 du 06 juin 1970.
En 2018, L’école fut baptisé Ecole Militaire de Santé Général Jean Alfred DIALLO.
Aujourd’hui l'Ecole Militaire de Santé compte soixante-onze (71) filles dont dix-sept (17) étrangères.
